珍稀特有魚類保護是生態保護工作的重要組成部分。近些年來，昭通市強化日常監管，開展科研監測、魚類增殖放流、棲息地修復，推進保護區建設，制定三個技術規程，全力做好赤水河云南段珍稀特有魚類保護工作。

長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區云南段分赤水河河源段和金沙江水富段兩個區域，保護區河流流經鎮雄、威信、水富3個縣（市），流域面積1983平方公里。赤水河云南段是長江上游重要的魚類棲息地，也是長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區云南段的主體，分布有魚類59種，分屬5目12科，占赤水河全境魚類種類總數的50.9%。以定居性的冷水性激流底棲魚類為主，其中昭通特有魚類17種。

為讓魚類有個良好的生存環境，近兩年來，在市委、市政府的堅強領導下，昭通各級各部門和長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區云南管護局（以下簡稱“珍稀魚類管護局”）主動扛起赤水河流域保護源頭責任，重點從五個方面全力做好赤水河云南段珍稀特有魚類保護工作。一是強化日常監管，配合做好禁捕工作。根據河道分布情況把保護區河道劃分為18個巡護區域，聘請20名巡護員開展日常巡護工作，對魚類產卵場、索餌場、越冬場、洄游通道等生態環境敏感性和村莊、交通要道等重點河段、重要區域進行重點監管。二是加強科普宣傳教育，推進社區共建共管。先后印制5萬余份宣傳折頁、宣傳冊、宣傳帽，在多個小學開展“小手拉大手，爭做護魚人”“依法保護赤水河，獻禮建黨100周年”等宣傳活動，制作了30余幅墻體標語、建立了50余座界碑。三是做好科研監測，開展魚類棲息地修復。珍稀魚類管護局在保護區重點河段進行魚類、水生植物、浮游植物、浮游動物、底棲生物和棲息地生境調查；對魚洞、簸笠兩個小水電站拆除地段進行棲息地修復。四是開展魚類增殖放流，修復水域生態。利用生態監測數據研判魚類種群結構情況，科學開展增殖放流。2020年籌集資金42萬元，增殖放流昆明裂腹魚7.8萬尾、金沙鱸鯉3500尾、云南光唇3.8萬尾；今年籌集資金232萬元，增殖放流胭脂魚8.5萬尾、巖原鯉16萬尾、長江鱘3000尾、中華倒刺鲃11萬尾、昆明裂腹魚5萬尾、金沙鱸鯉2500尾、云南光唇3.5萬尾。五是推進保護區項目實施，不斷提高保護成效。加強生態補償項目實施，持續開展工程施工專項監管、水環境生態監測、漁業資源調查等工作。珍稀魚類管護局完成總體規劃編制和保護區勘界工作并上報了有關成果。

為使赤水河云南段珍稀特有魚類保護工作進一步科學化、規范化、標準化，昭通市市場監督管理局、珍稀魚類管護局聯合西南大學擬定了《長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區云南段水域魚類增殖放流技術規程》《長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區云南段巡護技術規程》《長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區云南段生物多樣性監測技術規程》，于10月8日起正式實施。增殖放流技術規程規定了保護區魚類增殖放流的基本程序，實施主體為珍稀魚類管護局，其他任何單位、法人及個人在保護區水域放流須征得有關部門同意。物種選擇以保護區內的土著魚類作為放流對象，禁止向天然水域放流雜交種、轉基因種、外來物種及其他種質不純的物種，物種必須由省級以上漁業行政主管部門批準或認可的原、良種場站提供，苗種應當是本地種的原種或者子一代，對增殖放流的物種應進行技術鑒定與檢驗檢疫。巡護技術規程規定了保護區巡護的原則、巡護程序、安全要求、巡護成果等技術要求，適用于本保護區的巡護工作。巡護內容包括日常巡護、稽查巡護、監測巡護，并對巡護方式、巡護時段、巡護頻次分別作了規定。生物多樣性監測技術規程對監測準備、監測斷面或樣點設置、魚類早期資源調查，魚類物種多樣性調查、聲吶水聲學調查、環境DNA監測等方面的監測方法作了詳細規定，并規定了監測指標、監測時間和頻次、斷面設置、質量控制和安全管理、監測報告編制等方面的內容。